认证标准的通过条件除延续原标准要求的所有赋分标准项均没有不达标（-2分）情形以及认证标准总分在95分（含本数）以上外，还增加了内部控制、贸易安全两类标准中没有单一标准项基本达标（-1分）超过3项的情形。同时，取消了规范改进，认证过程中企业不能借助规范改进达标。

在具体标准内容上，按照“形成海关统一的企业信用管理制度”的原则，结合企业管理关检业务融合实际需要，新认证标准中纳入了检验检疫标准，主要是在单证控制、单证保管、企业守法、管理要求等项中增加了检验检疫要求，同时新增了质量管理等单独项。

高级认证—通用标准 

“企业守法”标准新旧对比

高级认证“管理要求”标准

其中一般认证企业标准与原标准最大不同是增加了信息系统和数据管理两项标准。

一般认证—通用标准

新标准在财务状况标准方面也作出了调整。一是新增了一般认证企业也需提交会计师事务所审计报告的要求；二是按照综合财务状况对企业进行考量，具体包括综合速动比率、现金流动负债比率、资产负债率、营业利润率、净资产收益率等财务状况。